【2024年7月】Ketcherチュートリアル1
以前、オープンソース化学構造描画ソフト「Ketcher」のチュートリアルを作ったのですが、当時使われていた2.04からかなりバージョンが更新されて2.21が最新バージョンとなりました。それに伴い、操作パネルの見た目などが結構変わったのでチュートリアルを作り直すことにしました。
第1弾は「Ketcherで一からアスピリンの構造を描く」チュートリアルです。
Ketcherでアスピリンの構造を描く手順
手順を動画にしました。見て頂ければわかるように、1分半程度でアスピリンの構造が簡単にかけることがわかります。
アスピリンの構造を描く手順
順番は動画の通りでなくてもいいですが、動画ではベンゼン環から描きます。
0:02付近 ベンゼン環を描く
一番左下にあるベンゼン環ボタンをクリック→描きたい場所でクリック
ベンゼン環が描けました。
0:08付近 置換基を描く
まずは炭素鎖として置換基を描いて後で必要なところを酸素原子に変えていきます。
左のパネルの「Single Bond」をクリック、置換基を付けたい原子の上にマウスを持って行ってクリックするとメチル基がつきます。この要領でどんどん置換基を長くして所望の長さにします。
0:19付近 結合を二重結合にする
二重結合にしたい場合は結合部分をクリックすることで二重結合になります。
0:27付近 必要な箇所を炭素原子から酸素原子に変更
右パネルの酸素原子ボタンをクリック。酸素原子に変えたい箇所にカーソルを持っていきクリックすると炭素原子が酸素原子に変わります。これを繰り返して描きたい構造に変えます。
0:54付近 水素原子の表記方法変更
右上の「ねじ」アイコンをクリックし、「Atoms」タブの「Show Hydrogen labels」を変更することで水素原子をどのように表記したいかを変えることができます。
- Off:水素原子表示しない
- Hetero:ヘテロ原子についた水素原子は表示
- Terminal:末端基についた水素原子は表示
- Terminal and Hetero:ヘテロ原子についた水素原子と末端基についた水素原子の両方表示
- On:全ての水素原子を表示
1:16付近 見栄えをよくする
上のパネルの「Clean Up」アイコンをクリックすることでごちゃごちゃした構造式を描いてしまった場合も見栄えを自動でよくできます。動画の例では元々見栄えよく描いてしまったので変更されていませんが、ごちゃごちゃ描いた場合はかなり効果があります。