Ketcher チュートリアル3 SMILESやInchlで構造を読みだす

2023年11月26日

商用利用も無料な化学構造式エディター「Ketcher」のチュートリアルその3です。

今回はSMILESやInchlで構造を読みだしてみます。

SMILESで読みだす

SMILESを入手するためNIHが運営する化学物質データベースPubChemにアクセスします。チュートリアルなのでアスピリンの構造を読みだしてみましょう。

PubChemでSMILESの入手

  1. PubChemで検索バーに「asprin」と入力してEnterキーを押すとデータベースからマッチする候補が表示されます。
  2. 一番上の「BEST MATCH」の候補をクリック
  3. Canonical SMILESという項目が2.1.xにあるのでそこに表示された表記「CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O」をコピー

Ketcherで読み出し

  1. 上のツールバーの左から2つ目の「Open」アイコンをクリック
  2. ダイアログボックスにSMILESを入力してOKをクリック
  3. SMILESに対応する化学構造が表示される
Ketcher SMILESで化学構造式を読みだす
Ketcher SMILESで読み出した化学構造式

Inchlで読みだす

PubChemでInchlを入手

  1. SMILESと同様にPubchemの2.1.x欄にあるInchlをコピーする。アスピリンの場合　InChI=1S/C9H8O4/c1-6(10)13-8-5-3-2-4-7(8)9(11)12/h2-5H,1H3,(H,11,12）

Ketcherで読み出し

  1. 上のツールバーの左から2つ目の「Open」アイコンをクリック
  2. ダイアログボックスにInchlを入力してOKをクリック(InChI=から始めないとSMILESとして読み込んでしまうためエラーになります)
  3. Inchlに対応する化学構造が表示される

chemistryepam,Ketcher

Posted by Nao