Ketcher チュートリアル5 化学式の表記方法の変更

2023年8月3日

Kethcerで化学式を描いたはいいけど、水素原子を表記する方法を変えたいという場合ありますよね。その変え方について解説します。

化学構造式の水素原子省略問題

通常、2次元の化学構造式は慣例的に水素原子を省略します。例えばアスピリンの場合、NIHが運営するPubChemでは下図のような構造式が掲載されています。OH基以外の水素原子は省略されています。

アスピリンの構造式1

KetcherでPubChemと同じような表記にしたい場合

Ketcherはデフォルトではアスピリンを下図のように表記します。OH基だけではなく、末端のメチル基の水素も表示するようになっています。

アスピリンの化学構造式の例2

この表記には違和感を感じる人もいると思いますので、PubChemと同じような表記に変える方法を紹介します。

Settingで水素原子の表記を変えられる

水素原子の表記方法の変更手順を説明します。

  1. 右上の歯車マークをクリック
  2. “Settings"ダイアログボックスが表示される
  3. “Atoms"の項目をクリック
  4. “Show Hydrogen labels"でプルダウンから"Hetero"を選択
  5. ダイアログボックス右下の"Apply"をクリック
KetcherのSettingダイアログボックス

この手順でPubChemと同じような表記に変わります。

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Posted by Nao