【無料】Ketcherで化学式をCDXML形式で保存
Ketcherはバージョン2.6以降からChemDrawのフォーマットであるCDXMLに対応しました。
これにより、顧客からCDXML形式での提出を求められてもわざわざChemDrawのライセンスを取得することなく、Kethcerで編集・保存を行えば対応することが可能となっています。
そこで、KethcerでのCDXML形式の保存方法を解説します。
化学構造式の描画
身近な鎮痛剤であるアセトアミノフェンの化学構造式を例に解説していきます。
化学構造式を一から描いてもいいのですが、SMILESがわかっているのでSMILESでアセトアミノフェンの化学構造式を呼び出します。
- Kethcerを開く
- 左上のOpenアイコンをクリック
- Open Structureというウィンドウが出てくるので左の「PASTE FROM CLIPBOARD」をクリック
- Open Structureウィンドウが出てくるのでSMILESを入力する（手打ちでもコピペでもどっちでも大丈夫です）
この例ではアセトアミノフェンのSMILES"CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O"を使用しています。 - 「Add to Canvas」をクリック
- 構造式が現れ、構造式を置く場所を選ぶモードになるので、置きたい場所でクリックすると位置が固定される
手順3のスクリーンショット
手順4のスクリーンショット
手順6のスクリーンショット
CDXML形式で保存
- 上メニューの左から三番目のアイコン(Save as)をクリック
- 「Save Structure」ウィンドウで「File format」をCDXMLにする
Kethcer2.6移行のバージョンでないとCDXML形式が選択できません - 右下のSaveをクリックするとCDXML形式のファイルがダウンロードされる
このファイルをメールなどで添付して提出すればCDXML形式で提出できます。
手順8のスクリーンショット
